Dr. Schüßler analysierte die Aschenbestandteile, die bei Verbrennung menschlichen Gewebes von Verstorbenen übrig blieben. Prinzipiell fand er immer die selben Mineralstoffe vor. Später konnte er einen Zusammenhang erkennen zwischen dem Mangel an einem bestimmten Mineral und der Krankheit, an der dieser Mensch gestorben war. Er schlussfolgerte, dass bei einem Kranken die Zufuhr des fehlenden Minerals die Heilung bewirken muss. Er verabreichte seinen Patienten die Mineralien in potenzierter Form und erzielte überraschend gute Erfolge.
Während in der Homöopathie zu damaliger Zeit etwa 600 Mittel eingesetzt wurden, gab es bei der Biochemie eine überschaubare Anzahl von Mitteln. Ursprünglich war Dr. Schüßler von 12 Salzen ausgegangen. Das Salz Nr. 12 „Calcium sulfuricum“ nahm er aus seinem Heilschatz wieder heraus, da es sich nach der Erkenntnis des Physiologen Gustav Bunge um ein Stoffwechselprodukt handelt und somit kein ursprüngliches anorganisches Mineral ist. Somit bestand sein ganzes System aus elf Salzen. Dabei hat in dieser festumrissenen Heilweise jedes Salz in seiner Funktionsweise einen bestimmten Platz. Später wurde die Nr. 12 „Calcium sulfuricum“ wieder aufgenommen und zählt heute zu den von Dr. Schüßler erforschten Funktionssalzen. Im Laufe der Jahrzehnte nach seinem Tod haben verschiedene Therapeuten weiter geforscht und sogenannte Ergänzungsmittel entdeckt, die heute auch als Schüßler-Salze angeboten werden.
In seiner „Anleitung zur biochemischen Behandlung von Krankheiten“ erläuterte Dr. Schüßler, dass in seinem biochemischen Heilverfahren elf Mittel in Anwendung kommen, die den im Blute und in den Geweben des menschlichen Organismus enthaltenen unorganischen Stoffen homogen (d. h. gleichartig) sind. Im Unterschied zum homöopathischen Heilverfahren erfolgt die Verordnung seiner Mittel aber nicht nach dem Ähnlichkeitsprinzip, sondern richtet sich auf die physiologisch-chemischen Vorgänge, die sich im menschlichen Organismus vollziehen. Somit grenzte Dr. Schüßler sich deutlich von den bisher praktizierten Homöopathie ab. Zeit seines Lebens blieb er ein vehementer Verfechter seiner Theorie. Es gab einige Kritiker, denen er mit viel Elan entgegen trat.
Er fand aber auch viel Anerkennung. Seine Patienten kamen von weit her. Das notwendige Heilmittel wurde bei der Konsultation direkt mitgegeben, für 75 Pfennige. Nächtliche Hilfesuchende ließ er die Symptome beschreiben, das benötigte Salz ließ er in einem Körbchen herab und die 75 Pfennige wanderten auf dem gleichen Weg zu ihm hinauf. Diese nächtlichen Beratungen waren allerdings nicht immer Notfälle: manch einer wollte lieber nicht erkannt werden, wenn er den Rat eben dieses Arztes dem seines „normalen“ Hausarztes vorzog. Vor Dr. Schüßler hingegen waren alle Patienten gleich: auch von Wohlhabenden nahm er nicht mehr Geld. Allerdings wurde manch armer Patient von ihm umsonst behandelt.